云南冷庫工程設計應遵循以下原則，以確保其高效、安全和持久性：

1. 溫度控制原則：首要原則是確保冷庫內的溫度能夠精確控制并維持在設定的范圍內。這要求選擇合適的冷卻設備和溫度控制系統，以滿足不同物品的存儲需求。
2. 空氣流通原則：冷庫內需要保持適當的空氣流通，以確保貨物的新鮮度和品質。因此，設計時應考慮空氣的循環和過濾，以及排氣和進氣口的位置和大小。
3. 節能減排原則：在選擇制冷設備、保溫材料、照明系統等關鍵部件時，應優先考慮節能環保的產品，以降低運行成本并減少對環境的影響。
4. 空間優化原則：冷庫的空間利用率對于其經濟效益至關重要。因此，在設計中應進行整體布局和結構優化，減少不必要的空間浪費，提高運行效率。
5. 安全性原則：冷庫工程涉及制冷、電氣等多個專業領域，因此安全性至關重要。設計時應遵循相關標準和規范，確保冷庫的安全運行。

冷庫工程設計應遵循溫度控制、空氣流通、節能減排、空間優化和安全性等原則，以確保其高效、安全和持久性。